Nació en la ciudad de México, en la época del primer Imperio. Estudió en el Colegio de San Gregorio, de la Orden de los Jesuitas, donde obtuvo, en 1845, el título de abogado. Trabajó en el Ayuntamiento de México y fue auditor del ejército de Oriente durante el periodo de la Invasión norteamericana (1847), acontecimientos del que escribió uno de los textos del libro: Apuntes para la historia de la guerra entre México y los Estados Unidos. En los siguientes años se dedicó al periodismo. Fue redactor en jefe del periódico El Siglo diecinueve y escribió el Álbum Mexicano junto con Manuel Payno (1851).  En septiembre de 1849, el Secretario de Hacienda, Manuel Piña y Cuevas, lo nombró Jefe de la Sección de Créditos Activos de la Junta de Crédito público. En 1851resultó electo diputado suplente, cargo del que fue separado por la dictadura santannista.

Tras el triunfo de la Revolución de Ayutla (1855), el Secretario de Hacienda, Guillermo Prieto, le encomendó la Dirección de Crédito Público, cargo que dejó para atender la invitación de Ignacio Comonfort de convertirse en Secretario de Justicia, Negocios Eclesiásticos e Instrucción Pública, al que a su vez, renunció para tomar la cartera de Hacienda por cuatro meses, haciendo frente a las reacciones por la Constitución de 1857. Como Secretario de Hacienda reorganizó la Junta de Crédito Público con el propósito de depurar y jerarquizar los adeudos, abriendo una oficina liquidataria de créditos y dando un año de plazo para la presentación y registro de los títulos. Esta reorganización se sumó al proyecto de creación de un fondo por 8 millones de pesos (Bonos del ferrocarril de Veracruz), que serían amortizados con recursos de las aduanas marítimas y del establecimiento de una lotería, con el fin de pagar el préstamo de banqueros neoyorquinos por dos millones de pesos.

Entre septiembre de 1857 y enero del siguiente año, se desempeñó como Ministro de la Suprema Corte, cargo que dejó al ser ocupada la ciudad de México por el ejército conservador a inicios de la Guerra de Reforma (1858). Tras el triunfo liberal (1860) del general Jesús González Ortega, Iglesias se hizo cargo de la Dirección General de Rentas de la capital del país. Un año después, fue nombrado visitador de las oficinas de rentas de los estados de la federación.  

Durante los años de la Intervención francesa (1862-1867), acompañó a Benito Juárez en su exilio, a la par que escribió los volúmenes de las Revistas Históricas,  publicadas entre abril de 1862 y julio de 1864. En ellas, da cuenta de los acontecimientos y sucesos ocurridos, reflexionando una y otra vez sobre los aspectos nacionales y sus efectos en el exterior, especialmente en Francia y España, explicando el por qué del fracaso del Imperio de Maximiliano.  
Desde la Intervención francesa hasta la Restauración de la Republica, ocupó las carteras de Hacienda y de Justicia. En febrero de 1868 fue publicada su Memoria, 1 en la que precisa las iniciativas tomadas durante los tres años de su gestión, explicando que el estado de guerra fue la principal causa del retraso en los proyectos hacendarios. Sobre todo porque los exiguos recursos recibidos de las zonas ocupadas por las fuerzas liberales, por la venta de terrenos baldíos, por prestamos forzosos y por la acuñación de la moneda de cobre fueron destinados al gasto militar.  Situación que cambió al momento de restablecerse la paz y ordenarse la reducción de los cuerpos del ejército y de los gastos en este ramo. Por otro lado, sometió al Congreso un plan de Hacienda que comprendía el establecimiento de “todas las economías compatibles”, el mantenimiento de los ingresos ordinarios y extraordinarios, el control de estos recursos evitando desfalcos o abusos de los jefes militares, así como la ejecución de un procedimiento “con pureza en la recaudación y distribución de los fondos públicos”.

Unos meses después dejó el cargo y fue electo Diputado Federal. En el Congreso, encabezó a las filas juaristas frente a legisladores lerdistas y porfiristas. Durante el gobierno de Juárez, fue Secretario de Gobernación y de Justicia, cargos que dejó por la Presidencia de la Suprema Corte de Justicia. 2 En 1876, se opuso a la reelección del Presidente Sebastián Lerdo de Tejada, quien, a pesar del apoyo de algunos gobernadores, perdió ante el avance del Plan de Tuxtepec. 3 Durante el primer año del gobierno porfirista vivió retirado en Nueva Orleans. A su  regreso se mantuvo alejado de la política hasta su muerte en diciembre de 1891.

1José María Iglesias, Memoria que el Secretario de Estado y del despacho de Hacienda y Crédito Público presenta al Congreso de la Unión, México, Imprenta del gobierno, 1868.
2 Cuestiones constitucionales, [Recopilación y notas de Javier Moctezuma Barragán] México, Universidad Nacional Autónoma de México., 1996.
3 La cuestión presidencia en 1876, Tipografía literaria de Filomeno Mata, 1892.