Nació en la ciudad de México. Dedicó su vida a la Secretaría de Hacienda iniciando sus tareas en la Pagaduría  Mayor de Hacienda, donde ocupó varios cargos hasta llegar al de Cajero General (Tesorero).

Tras el triunfo de la Revolución de Ayutla (1855) fue varias veces Oficial Mayor. Durante ese periodo, elaboró por órdenes de Guillermo Prieto una lista de los prestamistas españoles con el propósito de depurar los créditos legítimos de los ilegítimos.

Al terminar la guerra de Reforma (1860) el presidente Benito Juárez le nombró Secretario de Hacienda. Para el restablecimiento de la administración el gobierno de la República enfrentaba uno de los momentos más difíciles, financiera y diplomáticamente, derivado de la insolvencia económica heredada de varias décadas y de la incapacidad gubernamental de obtener recursos ya que gran parte de estos estaban hipotecados para el pago de los acreedores. Por ello los hombres de confianza del presidente recomendaron una reforma radical, que fue emitida por el Secretario José Higinio Núñez en julio de 1861. La ley para el arreglo de la Hacienda pública ordenaba la recuperación de todas las rentas federales asignadas a los acreedores, lo que significaba recuperar todas las fuentes de recaudación por dos años; por consiguiente, quedaba suspendido por este tiempo el servicio de la deuda.  Para ello, Núñez dispuso de la creación de una Junta Superior de Hacienda responsable de formar remates y finiquitos con todos los acreedores. En octubre de 1861 fue firmada la Convención de Londres entre España, Francia e Inglaterra reclamando al gobierno mexicano la reparación de daños y agravios a sus súbditos.

Días más tarde Núñez renunció a la Secretaría y partió a la Habana por unos meses. Regresó a México y ocupó nuevamente la Secretaría de Hacienda por poco más de un año, durante la presidencia itinerante de Benito Juárez. Fue elegido diputado al Congreso General y designado para responder el primer informe presentado por el presidente Benito Juárez.

Después de dos periodos en el Congreso regresó a sus labores en la Secretaría. Falleció al iniciar el periodo porfirista.