Nació en Parras, Coahuila, el 12 de octubre de 1872, hijo de Evaristo Madero y Manuela Farías. Sus estudios superiores los desarrolló en la Universidad Johns Hopkins de Estados Unidos, y posteriormente estudió finanzas y minería en París. Administró las empresas familiares en su estado natal, y en 1901 se hizo cargo de la Compañía Metalúrgica Torreón y después de la Compañía Carbonífera de Sabinas, S.A. También fue director del Banco de Nuevo León, en la ciudad de Monterrey. Perteneció al grupo de José Yves Limantour.

Para 1911 los revolucionarios firmantes de los acuerdos de Ciudad Juárez acordaron la separación de Porfirio Díaz y su gabinete, aunque no de todos, pues fueron menos hostiles con uno de los representantes del presidente en la convención, el secretario de Hacienda José Yves Limantour, amigo y representante comercial en la ciudad de México de la familia Madero.

Una de las tesis tradicionales de la historiografía mexicana es que el mismo revolucionario Francisco I. Madero, propuso al político de origen francés la cartera que por más de quince años ejerció con tino y prudencia. Al mismo estadista que colocó bonos de deuda pública en los mercados internacionales, ingeniero de la política económica del último porfiriato y técnico financiero cabeza de los científicos. En efecto, Limantour no aceptó la invitación y los revolucionarios volvieron la vista hacia un descollante banquero y familiar directo del líder del movimiento: el ingeniero Ernesto Madero Farías.

Ernesto Madero comunicó, desde Monterrey, a los revolucionarios acantonados en Chihuahua, que aceptaba el nombramiento de ministro de Hacienda; su buen desempeño en las finanzas privadas no le tenían porqué ser tan diferente en el erario público. La propuesta de mayo de 1911, de un gobierno de transición suponía la continuación del origen y la centralización de las finanzas públicas. Francisco León de la Barra, presidente interino, no se opuso a que el Ministerio de Hacienda quedara en manos del ingeniero coahuilense y el 22 de mayo de 1911 tomo las riendas de la Secretaría. Ernesto Madero no procedió de manera violenta. Ejerció el cargo de Secretario de Hacienda con cautela y tranquilidad. A principios de 1911 la hacienda pública comenzó a padecer las consecuencias del movimiento revolucionario, principalmente en lo que al ramo aduanal se refería. Conforme se agudizaban las diferencias entre los distintos grupos, los miembros de cada uno captaban los recursos y movilizaban al personal de manera arbitraria, desquiciando la administración de las aduanas. Algunas de ellas incluso dejaron de funcionar, para ser reabiertas cuando el grupo beligerante se retiraba de la plaza; las oficinas más afectadas fueron las de Ciudad Juárez, Veracruz, Laredo, Piedras Negras, Nogales, Agua Prieta, la Morita, matamoros, Mier, Camargo, Las Vacas, Guerrero y Topolobampo. En medio de este caos, en enero de 1913 se expidieron las reglas de trabajo para el personal aduanero.

Con la convulsión generalizada como telón de fondo, producto del movimiento revolucionario, en abril de 1912 el secretario Madero expresó que la regulación presupuestal había sido a tal grado eficiente que se proponía continuar con el mismo sistema, de tal modo que estableció algunas restricciones en obras y adquisiciones, pero también supo advertir que en materia de justicia debían ser mejor remunerados los administradores de ella, pues esta cuestión había sido causa revolucionaria debido a sus deficiencias. Propuso la creación del Departamento de Bosques, y también puso atención a la cuestión social, creando el Departamento de Trabajo. En la parte impositiva, se mantuvieron los impuestos ya establecidos, y largamente experimentados. Por lo que se refiere a los controvertidos renglones de ingresos y egresos, la cuestión transcurrió con las dificultades de antes, en ese momento más acentuadas debido a las circunstancias revolucionarias.

Después de la Decena Trágica, en febrero de 1913, fue protegido por la embajada de los Estados Unidos y salió del país, residiendo por algún tiempo en Nueva York. Falleció el 2 de febrero de 1958 en la capital de la República, depositándose sus restos en la cripta familiar en el Cementerio Español.