Nació en Oaxaca. En 1838 inició su carrera política como Regidor en la capital del estado. Su trayectoria en la Secretaría de Hacienda la comenzó en Chihuahua dos años después como Director de la Jefatura de Hacienda. En 1846 desempeñó la misma función en el puerto de San Blas y, en 1848, en Presidio del Norte (hoy Ciudad Juárez). Un año después, fue trasladado a Durango como Comisario General. En abril de 1849 el Secretario del Ramo, Francisco de Paula y Arrangoiz lo nombró Ministro Tesorero, de donde pasó a ser Secretario de Hacienda. Fue uno de los quince ministros que dirigieron la Secretaría al término de la guerra contra Estados Unidos en 1846. Periodo en el que la Hacienda pública se vio sumergida en la quiebra y en la especulación sobre los quince millones de la indemnización norteamericana. No obstante su propuesta de restablecimiento de las tributaciones indirectas en el Distrito Federal1, renunció tres meses después al considerar que no había podido hacer nada para remediar el desorden y bancarrota en que se encontraba la Hacienda pública.

En 1849 presentó un informe sobre las casas de moneda del país2 en el que incluía valiosos datos sobre el estado en que se encontraban. Entre los temas que destacó Gutiérrez en su obra está la revisión del poder alcanzado por la casa mercantil de Manning y Mackintosh, que se había convertido en la más importante de las cecas del país (ubicadas en Guanajuato y Zacatecas) y que le había proporcionado grandes ganancias en la acuñación de monedas de oro y plata destinadas fundamentalmente a su exportación.

Al retomar por segunda vez el cargo de Secretario solicitó un préstamo por 500 mil pesos. Así mismo, formó parte de la Junta de Crédito Público que buscó dar una solución al reclamo de los acreedores internos. Además de Gutiérrez, en la Junta también participaron el Oficial Mayor, Manuel Ma. Canseco, y Guillermo Prieto en representación del Congreso. 3

Dejó el cargo de Secretario, aduciendo que no había recursos ni para “los gastos más precisos”, y por la urgente necesidad de reordenar la administración y reformar algunos ramos como el de aduanas. En 1850 regresa a su cargo en la Tesorería, al que renuncia para irse como representante de una compañía extrajera y como director de la aduana en la Ventosa en Tehuantepec.
Durante el gobierno de Comonfort (1855-1857), fue Administrador de Correos. También se desempeñó como consejero de Estado durante el Imperio de Maximiliano.

Falleció en la ciudad de México.

.1 Iniciativa que dirigió a la augusta Cámara de diputados el Excmo. Sr. Ministro de Hacienda. D. Bonifacio Gutierrez sobre restablecer en el Distrito y territorios los impuestos indirectos, México, 1849.
2 Memoria presentada a la Cámara de Diputados en 20 de octubre del presente año por el secretario de Estado y del Despacho de Hacienda sobre la creación y estado actual de las Casas de Moneda de la República mandada imprimir por acuerdo de la misma Cámara, 1849.
3[Junta de Crédito Publico],Razón de la Deuda Interior. Razón de los Créditos que se reciben en esta Junta para los efectos del artículo 4o. De la parte reglamentaria de la ley de 30 de noviembre de 1850, y Suprema orden de 5 de abril de 1851