Nació en la ciudad de México. Hijo de un funcionario de la Real Hacienda que lo introdujo en el  ramo como meritorio en la Administración de Rentas de México, donde trabajó por diez años. Prosiguió su carrera administrativa dentro de la Secretaría de Hacienda en la aduana de Matamoros, llegó a ser Contador de la Fábrica de Tabacos de México y, posteriormente, Director del Ramo del Estanco del Tabaco.
 
Es conocido por sus novelas costumbristas 1 y por sus labor periodística,2   además de ser uno de los más importantes analistas de temas hacendarios del siglo XIX, sobre todo en el tema del crédito público que fue el asunto más espinoso y difícil al  mediar el siglo, tanto por los montos alcanzados por la deuda inglesa 3 y con los acreedores internos como por la diversidad de los títulos emitidos por las diversas administraciones hacendarias.
 
El presidente José Joaquín de Herrera lo designó Secretario de Hacienda en 1850. Durante su gestión, Payno puso especial atención en el crédito público con el propósito de homogeneizar los títulos de la deuda flotante y consolidada y restablecer el sistema de rentas alterado por la inestabilidad financiera y las guerras, para lo cual solicitó autorización del Congreso en una primera Exposición 4 en la que presentó un ambicioso proyecto hacendario y una nueva estructura administrativa. Con base en los juicios de un especialista norteamericano recomendó ampliar el sistema de recaudación federal y de los departamentos, además de revisar la ordenanza de aduanas y cerrar algunos puertos donde era común el contrabando.  En su segunda Exposición  5 al Congreso describió  la situación de la deuda pública y argumentó las razones por las cuales era imposible pagarla mediante el sistema de ingresos de la federación. Rechazó la idea de suspender pagos por las dificultades que ello representaba, por lo que eligió por pedir un préstamo interno para aliviar la situación crítica que se vivía.

A fin de informar al Congreso sobre el retraso en el pago a los empleados civiles y militares, Payno presentó un tercer informe en agosto de 1850,6 en el que reportó la baja de los ingresos por la difícil situación de la  principal aduana (Veracruz) asediada por las epidemias de vómito y cólera, de Yucatán sumergida en la guerra de castas y de los estados de Durango y Chihuahua por las constantes invasiones de indios norteamericanos. Renunció al cargo luego de que el Senado rechazara su proyecto de arreglo de la deuda pública. A esta decisión siguió un escrito intitulado Reseña 7 en la que informa a su sucesor sobre el estado general de la Hacienda y los arreglos con los portadores de bonos ingleses. Señaló que el objetivo de su proyecto hacendario se centró en el intento por nivelar los gastos con los ingresos, unificar la deuda interna, renegociar la deuda inglesa y crear la Junta de Crédito Público. Propuso ampliar la recaudación mediante un impuesto al consumo y evitar el contrabando. 

Tras el triunfo del Plan de Ayutla (1855), Payno retomó la dirección de la Secretaria de Hacienda en el gobierno de Ignacio Comonfort. En su Memoria 8 de 1855-1856 informa acerca del estado de la Tesorería General, de las actividades de la Junta de Crédito Público, de los préstamos convenidos y de la emisión de nuevos títulos respaldados con ingresos de las aduanas  marítimas y de la ciudad de México. Explica el aumento del gasto militar como resultado de las rebeliones en los estados de Puebla y Querétaro en respuesta a la Ley de desamortización de corporaciones civiles y religiosas, emitida por su antecesor Miguel Lerdo de Tejada. 
Después del golpe de estado de diciembre de 1857, en el cual participó activamente,  Payno tuvo un receso en la política. No obstante, continúo escribiendo acerca del problema del crédito público en varios textos que constituyen un testimonio sobre el estado de la deuda en ese difícil periodo. A pesar de su ostracismo político se opuso al reconocimiento de los préstamos y reclamaciones internas que hicieran las convenciones diplomáticas. 9 Fue también un firme opositor al Imperio de Maximiliano, lo que le valió ser apresado por un tiempo. Acerca del estatus financiero de ese régimen presentó un ensayo donde hace un cálculo de sus costos. 10

Luego de ser perseguido en el periodo republicano (1867-1876) volvió de nuevo a sus actividades hasta el porfiriato. Un tiempo fue profesor de economía política en la Escuela de Comercio, fue elegido Senador durante el periodo de Manuel González (1880-1884) y en 1886 Porfirio Díaz lo nombró Agente de Colonización en Paris, dos años después ocupó el Consulado en Barcelona. Regreso a México en 1892, pero al poco tiempo falleció en su casa de San Ángel al sur de la ciudad de México.

1 Las más conocidas son e  El fistol del diablo (1846-1847),  El hombre de la situación (1861) y  Los bandidos de río Frío (1891-1892).
2 Entre los periódicos donde colaboro se encuentran  El Siglo diecinueve, Don Simplicio y El Federalista.
3 Memoria en que Manuel Payno da cuenta al público de su manejo en el desempeño del Ministerio de Hacienda y de las comisiones que le confió el Supremo Gobierno en Inglaterra acompañándose los documentos relativos al pago del primer dividendo de la deuda exterior y las comunicaciones dirigidas a Lord Palmerston sobre la ley de 30 de noviembre de 1850, México, Imprenta de I. Cumplido, 65 p. (firma el 31 de junio de 1852).
4 Esposición que el ministro de Hacienda dirige a las cámaras sobre el estado de la Hacienda Pública en el presente año, e iniciativas correspondientes para establecer impuestos para el erario federal y arreglar la administración y distribución de las rentas que se le consignen. México, Tipografía de V. Torres, 1850
5 Esposición que el Ministro de Hacienda dirige a las Cámaras, al darles cuenta de los recursos con que ha contado el gobierno desde el día 3 al 25 de julio de 1850, y de las medidas que ha dictado en diversos ramos de los que forman el erario. México, Imprenta de la Voz de la Religión, 1850, 15 p.
6 Esposición que dirige a la Cámara el Ministro de Hacienda, en solicitud de los ausilios indispensables para la marcha de la administración pública. México, Imprenta a la Voz de la Religión, 1850, 8 p.
7 Reseña sobre el estado de los principales ramos de la Hacienda Pública, escrita por el C. Manuel Payno, para su sucesor en el despacho de la Secretaría de la Hacienda, Lic. José I. Esteva. México, Imprenta de Ignacio Cumplido, 1851.
8 Memoria de Hacienda presentada al Excmo. Sr. Presidente de la República, por el ciudadano Manuel Payno. Comprende el período de diciembre de 1855, a mayo de 1856, en que estuvo a su cargo el ministerio del ramo, México, Imprenta de Ignacio Cumplido, 1857, 63+cxxv pp., cuadros, tablas.
9 La Convención española por el ciudadano Manuel Payno, México, Imprenta de Ignacio Cumplido, 1857. / Carta que sobre los asuntos de México dirige al general Forey, comandante en jefe de las tropas francesas,  México, Vicente García Torres, 1862. / México y el Sr. embajador Don Joaquín Francisco Pacheco, México, Juan Abadiano, 1862. / México y sus cuestiones financieras con la Inglaterra, la España y la Francia,  Memoria que por orden del Supremo Gobierno Constitucional de la República escribe el C. Manuel Payno. México, Imprenta de Ignacio Cumplido. 1862. /  México y Barcelona. Reseña histórica de la invasión en México por las potencias aliadas Inglaterra, España y Francia, y los motivos que la causaron desde los bonos de Jecker, hasta el fusilamiento de éste en París, México, Imprenta del Gobierno en el Ex-arzobispado, 1898.
10 Manuel Payno, Cuentas, gastos, acreedores y otros asuntos del tiempo de la intervención francesa y del imperio. Obra escrita y publicada de orden del gobierno constitucional de la república, por Manuel Payno. México, Imprenta de Ignacio Cumplido, 1868, 756 pp.