Nació en la ciudad de México en 1954. Habiendo sido preparatoriano, ingresó a la Escuela de Jurisprudencia en 1872, titulándose de abogado en 1875. En un tiempo fue catedrático de Derecho Internacional, Público y Privado.

En 1877 fungió como secretario de la asamblea encargada de estudiar la conveniencia de celebrar un tratado comercial con los Estados Unidos. En 1881 fue parte de la comisión para formular una ley acerca de la integración del catastro de la propiedad inmueble del Distrito Federal y de la estadística fiscal de la misma entidad. En 1886 fue delegado de la Secretaría de Gobernación para estudiar la baja en el precio de la plata. José Yves Limantour estuvo al frente de la Secretaría de Hacienda dieciocho años consecutivos, de 1893 a 1911. En este largo periodo tuvo ocasión de culminar proyectos hacendarios de sus antecesores y enfrentar retos nuevos. Su gestión inicial, fiel a los caminos abiertos por las administraciones precedentes, significó el fin de la lucha contra el gran problema de la Hacienda pública decimonónica: el de los ingresos nacionales. Pero al cambio de siglo, el ministro encontró nuevos desafíos a los que tuvo que hacer frente con iniciativas propias.

Limantour llegó a ser un secretario de estado muy poderoso en la administración de Porfirio Díaz: uno de los más fuertes aspirantes a sucederlo en la presidencia de la República hacia finales del régimen. Su carrera política y, en particular, su arribo al ministerio a la edad de treinta y nueve años, cuando el promedio de edad de los miembros del gabinete presidencial en 1893 era de sesenta, tuvo a su favor su posición social y sus relaciones políticas; también sus capacidades técnicas en un momento clave para la consolidación del Estado nacional. Su historial y su actuación en el marco de una estructura política más firme que la de sus antecesores, le dieron una proyección importante. Comprometido con el fortalecimiento del Estado, tuvo la habilidad para ordenar la Hacienda pública y, no sin dificultades, sortear algunos nuevos desafíos. Sin embargo, su centralismo y sus compromisos con las elites económicas, al margen de toda preocupación social, marcaron las limitaciones de su proyecto.

Diversas medidas hacendarias perfilaron el éxito de su gestión, por ejemplo el aumento de los impuestos al tabaco y los alcoholes, el establecimiento de derechos de exportación para el henequén y la rebaja en los sueldos de la burocracia. Igualmente puso orden en las subvenciones, impulsó reformas constituciones relativas a la autonomía fiscal de los estados y municipios y suprimió las alcabalas, cuyas raíces se encontraban en la época colonial, teniendo un memorable éxito. También se avocó a la reorganización aduanera con la ley del 1º. de enero de 1894, base para las operaciones de cada oficina e introductoria, asimismo, de la reducción del personal. No menos importantes fueron los cortes mensuales de caja, la creación de la caja de ahorros y préstamos para servir a los empleados hacendarios y el restablecimiento de la Dirección General de Aduanas, en febrero de 1900.

Desde fines del siglo XIX Limantour puso especial atención en la cuestión ferroviaria. Para 1906 existía un proyecto bien definido y dos años más tarde se había consolidado la inquietud, con el surgimiento de los Ferrocarriles Nacionales de México, bajo control estatal. También fue muy importante la separación del manejo y distribución de caudales, de la contabilidad y glosa de los mismos. En 1910, año de conmemoración y tormenta, logró la expedición de la ley sobre Reorganización de la Tesorería, la creación de una unidad dedicada a la disociación y la elaboración del reglamento tanto de esta unidad como el relativo a la Tesorería.

Antes de que finalizara el siglo, sorprendentemente había equilibrado los presupuestos, resuelto la suspensión de pagos de la deuda externa y conseguido un superávit anual, a partir de 1895, sin disminuir los ingresos; es decir, el gasto público aumentó. Un análisis comparativo señala que los 15 millones de pesos del periodo 1871-1873, se elevaron a más de 100 millones en el lapso de 1908-1909.

Con el triunfo de la revolución encabezada por Francisco I. Madero salió al exilio en mayo de 1911, escogiendo la ciudad de París como nuevo sitio de residencia; desde ahí vio o supo de la muerte de muchos amigos y compatriotas. Limantour falleció en la capital de Francia el 25 de agosto de 1935.